White matter hyperintensity (WMH)의 정도를 스코어링하는 방법 중의 하나로 Fazekas scale 이라는 방법이 있다. peri, deep으로 크게 나눌 수 있으며 각 경우의 정도가 심해질수록 점수가 높게 매겨진다. periventricular WMH periventricular WMH의 경우에는 ventricle의 네 방향 끝에 모자처럼 존재하는 cap형, ventricle에서 왼쪽과 오른쪽에 음푹 들어간 곳에 존재하는 band형으로 나뉜다. deep WMH deep WMH는 ventricle에서 좀 떨어져 있는 구역에 포인트로 존재하는 WMH을 말한다. Fazekas scale의 의미 의학적 스코어는 대부분 논문에서 말하고 있듯이 의사의 소견에 따라 inter-observe..

pip install pandas pip install xlrd 엑셀 읽기 df = pd.read_excel('D:/test.xlsx') print(df) a1 a2 a3 a4 0 1 2 3 4 1 3 2 3 4 2 2 4 4 5 csv 읽기는 pd.read_csv 데이터프레임을 엑셀로 저장하기 df = pd.read_excel('D:/test.xlsx') df.to_excel('D:/test2.xlsx') csv로 저장하기는 df.to_csv 칼럼 출력하기 df = pd.read_excel('D:/test.xlsx') print(df.columns) Index(['a1', 'a2', 'a3', 'a4'], dtype='object') 열 지정하여 출력하기 df = pd.read_excel('D:/tes..

MRI를 촬영할 때, 고주파 펄스를 발사하여 신체의 70%를 차지하는 물 분자의 수소원자에 공명현상을 발생시킨다. 공명현상을 일으키는 고주파 펄스가 끊어지면 횡자화 된 수소원자가 종자화가 되도록 회복할 시간이 필요한데, 종자화가 63%가 회복되는 시간을 T1 이완 또는 회복(recovery)이라 한다. 실제로 MRI를 촬영할 때 수직 방향의 고주파 펄스를 수백 번 가하기 때문에 반복 시간(TR)은 MRI 신호에 크게 영향을 끼친다. TR이 길면 T1 이완 시간이 길거나 짧아도 모두 종자화를 충분히 회복한 상태에서 다음 수직 고주파 펄스를 맞게 되고 매 펄스마다 강한 신호를 생성할 수 있다. 하지만 TR을 짧게 설정할 경우, T1 이완 시간이 짧은 지방조직은 종자화 시간이 충분하지만 다른 조직들은 종자화가..

fsl의 BET이나 minctool의 mincbet이라는 툴로 Skull stripping이 가능하다. binary로 아웃풋을 낸 후 원영상과 곱하여 skull stripping을 수행한다.

mincaverage : 영상의 평균을 구할 때 mincbet : BET mincblob : jacobian determinant, trace, magnitude, translation을 구할 수 있음 mincblur : smoothing minccalc : 주로 영상 계산(수식으로) mincheader : header 볼 때 mincinfo : 영상의 정보를 볼 때 mincmath : 영상 계산(더하고 빼고 곱하고 나누고) mincmorph : morphological processing (opening, closing, dilation, erosion) mincresample : matrix 를 이용해서 reg 하고 싶을 때, image reslice 할 때, mincstats : 영상의 정보를 볼 ..

뇌영상을 처리하기 전에 전처리로 nonuniformity correction을 시행할 수 있다. MRI를 촬영할 때, 자기장의 불균일성으로 인해 영상에도 밝기의 불균일성이 나타나게 된다. 어떤 쪽은 밝기값이 낮아 영상이 어둡게 나타나게 되는데, 이 밝기 불균일성은 영상처리에 지대한 영향을 끼칠 수 있으므로 밝기 불균일성 보정이 필요하다.

cmd에 python은 되고 pip는 안될 때가 있다. 환경 변수에 Python폴더는 지정되어 있지만 Python\Scripts 폴더는 지정되어 있지 않을 경우 이 현상이 생길 수 있다. 제어판 > 시스템 및 보안 > 시스템 > 설정 변경 > 고급 > 환경 변수 > 시스템 변수 > Path 클릭 > 편집 > 찾아보기 에서 Python\Scripts 경로를 추가해준다. 설정이 잘 되었는지는 pip -V 명령어로 확인할 수 있다.

1. 필요한 파이썬 버전을 설치한다. https://www.python.org/downloads/ Download Python The official home of the Python Programming Language www.python.org 2. vsc에서 ctrl + shift + p를 누른 후 ext install ext를 치고 Extensions: Install Extensions 클릭 3. python을 검색하여 첫번째 박스를 클릭하여 install 4. 파이썬 환경변수 설정 제어판 > 시스템 및 보안 > 시스템 > 설정 변경 > 고급 > 환경 변수 > Path 클릭 > 편집 > 찾아보기 > python.exe 들어있는 폴더 선택 > 확인 5. 아래 주소에서 get-pip.py 다운로드 h..