뇌 MR 영상은 resolution이 높지 않다. CT 같은 경우는 복셀당 1μm X 1μm X 1μm 인 경우도 봤지만, 뇌 MR 영상의 경우에는 0.5mm 이하를 보기 힘들다. 7T MRI가 아직 사람에게 무해한 지 검증이 되지 않았고, 3T, 1.5T MRI가 상용화되고 있기 때문이다. 이런 이유 때문에 PVE라는 한계점이 생기게 된다. PVE는 한 복셀에 여러 tissue가 포함될 수 있는 확률을 말한다. 뇌 MR 영상의 표준 영상은 보통 1mm X 1mm X 1mm의 해상도를 가지는데, 1mm 크기의 복셀로는 아래 그림처럼 뇌를 정교하게 표현할 수 없는 상황이 발생한다. 파란선은 tissue간 정확한 경계를 표현한 예시라고 보면 된다. 파란선의 경계에 따라 tissue가 구분된다고 하면, 회백질..

White matter hyperintensity (WMH)의 정도를 스코어링하는 방법 중의 하나로 Fazekas scale 이라는 방법이 있다. peri, deep으로 크게 나눌 수 있으며 각 경우의 정도가 심해질수록 점수가 높게 매겨진다. periventricular WMH periventricular WMH의 경우에는 ventricle의 네 방향 끝에 모자처럼 존재하는 cap형, ventricle에서 왼쪽과 오른쪽에 음푹 들어간 곳에 존재하는 band형으로 나뉜다. deep WMH deep WMH는 ventricle에서 좀 떨어져 있는 구역에 포인트로 존재하는 WMH을 말한다. Fazekas scale의 의미 의학적 스코어는 대부분 논문에서 말하고 있듯이 의사의 소견에 따라 inter-observe..

MRI를 촬영할 때, 고주파 펄스를 발사하여 신체의 70%를 차지하는 물 분자의 수소원자에 공명현상을 발생시킨다. 공명현상을 일으키는 고주파 펄스가 끊어지면 횡자화 된 수소원자가 종자화가 되도록 회복할 시간이 필요한데, 종자화가 63%가 회복되는 시간을 T1 이완 또는 회복(recovery)이라 한다. 실제로 MRI를 촬영할 때 수직 방향의 고주파 펄스를 수백 번 가하기 때문에 반복 시간(TR)은 MRI 신호에 크게 영향을 끼친다. TR이 길면 T1 이완 시간이 길거나 짧아도 모두 종자화를 충분히 회복한 상태에서 다음 수직 고주파 펄스를 맞게 되고 매 펄스마다 강한 신호를 생성할 수 있다. 하지만 TR을 짧게 설정할 경우, T1 이완 시간이 짧은 지방조직은 종자화 시간이 충분하지만 다른 조직들은 종자화가..

fsl의 BET이나 minctool의 mincbet이라는 툴로 Skull stripping이 가능하다. binary로 아웃풋을 낸 후 원영상과 곱하여 skull stripping을 수행한다.

mincaverage : 영상의 평균을 구할 때 mincbet : BET mincblob : jacobian determinant, trace, magnitude, translation을 구할 수 있음 mincblur : smoothing minccalc : 주로 영상 계산(수식으로) mincheader : header 볼 때 mincinfo : 영상의 정보를 볼 때 mincmath : 영상 계산(더하고 빼고 곱하고 나누고) mincmorph : morphological processing (opening, closing, dilation, erosion) mincresample : matrix 를 이용해서 reg 하고 싶을 때, image reslice 할 때, mincstats : 영상의 정보를 볼 ..

뇌영상을 처리하기 전에 전처리로 nonuniformity correction을 시행할 수 있다. MRI를 촬영할 때, 자기장의 불균일성으로 인해 영상에도 밝기의 불균일성이 나타나게 된다. 어떤 쪽은 밝기값이 낮아 영상이 어둡게 나타나게 되는데, 이 밝기 불균일성은 영상처리에 지대한 영향을 끼칠 수 있으므로 밝기 불균일성 보정이 필요하다.