Medical Imaging
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표준섭취계수율은 각 개인의 PET 영상을 정량화 시키는 방법이다. 예를 들어, 18F-FDG 조영제를 주입했을 때 포도당 대사가 높은 부분에서 포도당 유사 물질인 18F-FDG를 포도당으로 착각하고 섭취하게 된다. 하지만 18F-FDG는 포도당이 아니기 때문에 분해되지 않고 남아있게 된다. 따라서 포도당 대사가 높은 부분은 FDG를 많이 섭취한 부분이고, 그 부분은 PET에서 intensity가 높게 나타난다. 조영제를 주입하고 체내에 섭취되기까지 충분한 시간이 지난 후(18F-FDG 기준 90~110분) PET 촬영을 하게 되면 포도당 섭취 대사에 따른 PET 영상이 만들어진다. 18F-FDG PET 영상은 포도당 대사가 항진된 영역이 밝기(intensity)가 강하게 나타난다. 특히 뇌 기능이 떨어지..
표준섭취계수율 (Standardized Uptake Value Ratio, SUVR)표준섭취계수율은 각 개인의 PET 영상을 정량화 시키는 방법이다. 예를 들어, 18F-FDG 조영제를 주입했을 때 포도당 대사가 높은 부분에서 포도당 유사 물질인 18F-FDG를 포도당으로 착각하고 섭취하게 된다. 하지만 18F-FDG는 포도당이 아니기 때문에 분해되지 않고 남아있게 된다. 따라서 포도당 대사가 높은 부분은 FDG를 많이 섭취한 부분이고, 그 부분은 PET에서 intensity가 높게 나타난다. 조영제를 주입하고 체내에 섭취되기까지 충분한 시간이 지난 후(18F-FDG 기준 90~110분) PET 촬영을 하게 되면 포도당 섭취 대사에 따른 PET 영상이 만들어진다. 18F-FDG PET 영상은 포도당 대사가 항진된 영역이 밝기(intensity)가 강하게 나타난다. 특히 뇌 기능이 떨어지..
2019.05.17 -
성인 체중의 60% 이상은 체액으로 이루어져 있고, 그 대부분은 물로 구성된다. 물에 존재하는 수소 원자의 원자핵은 불규칙한 방향의 회전을 가지고 있다. 이 원자핵들을 강력한 자기장 속에 두면 원자핵의 회전 방향이 자기장을 따라 정렬(횡자화)된다. 이 상태에서 수직 방향의 고주파 펄스를 걸면 원자핵이 전자파 에너지를 흡수하여 자기장의 반대방향으로 회전의 방향이 바뀌게 된다. 그리고 펄스를 멈추게 되면 원자핵이 원래 상태로 돌아가게 되면서(종자화) 전자파를 방출하고 이 전자파를 검출하여 원자핵의 위치를 추적해 자기공명영상을 생성한다.
자기공명영상(Magnetic Resonance Imaging, MRI)성인 체중의 60% 이상은 체액으로 이루어져 있고, 그 대부분은 물로 구성된다. 물에 존재하는 수소 원자의 원자핵은 불규칙한 방향의 회전을 가지고 있다. 이 원자핵들을 강력한 자기장 속에 두면 원자핵의 회전 방향이 자기장을 따라 정렬(횡자화)된다. 이 상태에서 수직 방향의 고주파 펄스를 걸면 원자핵이 전자파 에너지를 흡수하여 자기장의 반대방향으로 회전의 방향이 바뀌게 된다. 그리고 펄스를 멈추게 되면 원자핵이 원래 상태로 돌아가게 되면서(종자화) 전자파를 방출하고 이 전자파를 검출하여 원자핵의 위치를 추적해 자기공명영상을 생성한다.
2019.05.17 -
CIVET을 사용해 본 사람이라면 ANIMAL template이라는 말은 한번쯤 들어봤을 듯 하다. ANIMAL segmentation은 CIVET에서 segmentation 옵션으로 사용할 수 있는데, native T1 brain image를 linear registration과 nonlinear registration을 이용하여 template 영상에 매칭시킨 후 개개인의 brain을 ANIMAL label로 찍어내어 영역별로 분석할 수 있다. 주로 brain MRI의 volume 분석에서 많이 사용했다. registration 전의 native space와 stereotaxic space 비교 registration 후 ANIMAL segmentation 된 registered T1 영상 ANIMA..
ANIMAL segmentationCIVET을 사용해 본 사람이라면 ANIMAL template이라는 말은 한번쯤 들어봤을 듯 하다. ANIMAL segmentation은 CIVET에서 segmentation 옵션으로 사용할 수 있는데, native T1 brain image를 linear registration과 nonlinear registration을 이용하여 template 영상에 매칭시킨 후 개개인의 brain을 ANIMAL label로 찍어내어 영역별로 분석할 수 있다. 주로 brain MRI의 volume 분석에서 많이 사용했다. registration 전의 native space와 stereotaxic space 비교 registration 후 ANIMAL segmentation 된 registered T1 영상 ANIMA..
2019.05.08 -
CIVET pipeline은 freesurfer처럼 brain MRI 영상을 종합적으로 분석해주는 완전 자동화된 소프트웨어이다. volume 분석 뿐만 아니라 cortical surface 분석도 가능하다. minctool, matlab으로 이용할 수 있는 surfstat과 많이 사용했던 프로그램이다. MRI 영상의 포맷은 .mnc로 MINC라고 부르기도 한다. 아직 범용적으로 .nii라는 NIFTI 포맷을 많이 사용하는 것 같다. minc를 많이 사용한 나로서는 조금 아쉽다. 비공개 파이프라인이라 어쩔 수 없는 듯 하다. CIVET pipeline은 비공개이긴 하지만 CBRAIN이라는 사이트로 CIVET pipeline을 이용할 수 있다. 내가 사용하던 CIVET pipeline output들의 의미에..
CIVET pipeline 결과 폴더 간략하게 정리CIVET pipeline은 freesurfer처럼 brain MRI 영상을 종합적으로 분석해주는 완전 자동화된 소프트웨어이다. volume 분석 뿐만 아니라 cortical surface 분석도 가능하다. minctool, matlab으로 이용할 수 있는 surfstat과 많이 사용했던 프로그램이다. MRI 영상의 포맷은 .mnc로 MINC라고 부르기도 한다. 아직 범용적으로 .nii라는 NIFTI 포맷을 많이 사용하는 것 같다. minc를 많이 사용한 나로서는 조금 아쉽다. 비공개 파이프라인이라 어쩔 수 없는 듯 하다. CIVET pipeline은 비공개이긴 하지만 CBRAIN이라는 사이트로 CIVET pipeline을 이용할 수 있다. 내가 사용하던 CIVET pipeline output들의 의미에..
2019.05.03 -
FSL은 뇌영상처리에서 볼륨 분석을 할 때 많이 쓰이고, NIFTI나 ANALYZE 포맷 파일을 다룰 수 있는 툴이다. 나는 MINC 포맷을 많이 사용하여서 그런지 minctool이 익숙하지만... 보편적으로 사용되는 포맷이 NIFTI이기 때문에 대학원생 때 처럼 내가 사용하고 싶은 포맷만을 사용할 수는 없게 되었다. 어쨌든 설치! 1. FSL 사이트에 접속한다. Download/Install 클릭. 귀찮다면 https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation 클릭. 2. 기본적인 사항들을 입력해주고 Register 버튼 클릭. 나는 Centos를 좋아한다(센밍아웃). 3. 최신 버전만을 올려놓는 것으로 보인다. Download FSL 6.0.1 클릭. 4...
FSL 설치FSL은 뇌영상처리에서 볼륨 분석을 할 때 많이 쓰이고, NIFTI나 ANALYZE 포맷 파일을 다룰 수 있는 툴이다. 나는 MINC 포맷을 많이 사용하여서 그런지 minctool이 익숙하지만... 보편적으로 사용되는 포맷이 NIFTI이기 때문에 대학원생 때 처럼 내가 사용하고 싶은 포맷만을 사용할 수는 없게 되었다. 어쨌든 설치! 1. FSL 사이트에 접속한다. Download/Install 클릭. 귀찮다면 https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation 클릭. 2. 기본적인 사항들을 입력해주고 Register 버튼 클릭. 나는 Centos를 좋아한다(센밍아웃). 3. 최신 버전만을 올려놓는 것으로 보인다. Download FSL 6.0.1 클릭. 4...
2019.04.28